Leta 1942 med drugo svetovno vojno je bila katedrala prizorišče zadnjega zatočišča številnih čeških in slovaških domoljubov, ki so v operaciji Antropoidan umorili Reinhard Heydricha, nacističnega SS Obergruppenführerja. Karl Fischer von Treuenfeld je bil poveljnik čet, ki je napadel cerkev 18. junija 1942. Po hudi bitki so atentatorji storili samomor, da bi se izognili njegovemu zajetju.

Trenutno je muzej v cerkveni grobnici posvečen njim kot nacionalnim junakom.